Berdasarkan Peraturan Mahkamah Agung Republik Indonesia Nomor 7 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan sebagaimana telah diubah beberapa kali, Panitera Muda Khusus mempunyai tugas melaksanakan administrasi perkara di bidang perkara khusus, antara lain perkara Tindak Pidana Korupsi dan perkara khusus lainnya sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, Panitera Muda Khusus menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

1. Pelaksanaan pemeriksaan dan penelaahan kelengkapan berkas perkara khusus.
2. Pelaksanaan registrasi perkara khusus.
3. Pelaksanaan distribusi perkara khusus yang telah diregister untuk diteruskan kepada Ketua Majelis Hakim berdasarkan Penetapan Penunjukan Majelis Hakim dari Ketua Pengadilan Tinggi.
4. Pelaksanaan penghitungan, penyiapan, dan pengiriman penetapan penahanan, perpanjangan penahanan, dan penangguhan penahanan bagi perkara bidang pidana khusus.
5. Pelaksanaan penerimaan kembali berkas perkara yang sudah diputus dan diminutasi.
6. Pelaksanaan pengiriman salinan putusan Pengadilan Tinggi beserta berkas perkara bendel A kepada pengadilan pengaju.
7. Pelaksanaan penyimpanan berkas perkara yang belum mempunyai kekuatan hukum tetap.
8. Pelaksanaan penyerahan berkas perkara yang sudah mempunyai kekuatan hukum tetap kepada Panitera Muda Hukum.
9. Pelaksanaan urusan tata usaha kepaniteraan.
10. Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Panitera.